Au sein de la fédération, le service technique remplit des missions de connaissance et de gestion à plusieurs niveaux.

Il apporte sa contribution scientifique aux programmes concertés de restauration des milieux aquatiques conduits par les politiques publiques (Contrat de Rivière, Contrat de Milieu, ...). Il réalise pour cela des expertises sur les peuplements piscicoles (poissons) et astacicoles (écrevisses), et de manière plus générale sur le milieu (habitat, température, morphologie, ...). Ces études ont pour but d'orienter les programmes vers une meilleure prise en compte des biotopes et des espèces.

Il intervient également dans la mise en oeuvre des programmes de restauration en accompagnant et/ou en participant à la réalisation des travaux. Par ailleurs la Fédération apporte un soutien financier lors de la mise en oeuvre de certaines actions. Elle prend également parfois la maîtrise d'ouvrage pour des travaux de restauration, alors conduits par le service technique.

Il propose également sa technicité pour répondre à des demandes de différents maîtres d'ouvrages publics ou privés. Il peut ainsi réaliser sur commande des études et suivis divers, ainsi que des opérations de sauvetage de faune aquatique avant travaux.

De manière plus générale, il participe à la protection du milieu aquatique en étant associé à diverses démarches, et en étant consulté par l'autorité administrative dans le cadre de projets d'aménagement pouvant avoir des conséquences sur l'environnement.

Il mène enfin des études dans le cadre de réflexions sur l'activité halieutique et apporte ainsi des éléments scientifiques nécessaires, notamment lors de réflexions sur la réglementation pêche.